Consegui alterar a busca dos membros modificando a variável 

$params = array(
'type' => 'user',
'full_view' => false,
'joins' => array("JOIN {$db_prefix}users_entity u ON e.guid=u.guid "),
'wheres' => array("(u.name LIKE \"%{$name}%\" OR u.username LIKE \"%{$name}%\")"),
);

Porém a busca de membros por tags não consegui alterar visto que não consegui modificar a cláusula "where" da query/variáveis abaixo:

$options = array();
$options['query'] = $tag;
$options['type'] = "user";
$options['offset'] = $offset;
$options['limit'] = $limit;
$results = elgg_trigger_plugin_hook('search', 'tags', $options, array());
$count = $results['count'];
$users = $results['entities'];
$content = elgg_view_entity_list($users, $count, $offset, $limit, false, false, true);

Como que posso alterar a consulta de membros por tags restringindo para que na busca não vejam determinados usuários?

Corrigido, aprendi a manipular consultas através dos "options".

Todas as informações ficam salvas como metadados.

Basta fazer $user->metadata_name, se o metadado existir ele retorna o valor, senão retorna null. Você pode usar também a função elgg_get_metadata para obter todos os metadados de uma entity.

Obrigado Luciano! Funcionou!