Diga Luciano,

O plugin group tem suporte a upgrade e pra isso ele registar um event_handler.

elgg_register_event_handler('upgrade', 'system', 'groups_run_upgrades');

E usar exatamente esse código:

/**
* Process upgrades for the groups plugin
*/
function groups_run_upgrades() {
    $path = elgg_get_plugins_path() . 'groups/upgrades/';
    $files = elgg_get_upgrade_files($path);
    foreach ($files as $file) {
        include "$path{$file}";
    }
} 

Ele é responsável para rodar somente os scripts necessários. 

Logo você respondeu aqui?! xD

Eu acabei descobrindo isso depois... e consegui fazer aqui. Mas em cada arquivo tem que ter a lógica implementada para executar ou não o upgrade, pelo que eu entendi. De qualquer forma, não fiz desta forma, implementei direto na função e verifico se há a necessidade de executar ou não. Vou migrar ainda para um arquivo e testar, porque para debugar era mais fácil ser direto na função.

Valeu!